Das HarlekinÄum präsentiert sich als spezialisiertes Haus für skurrile, humorvolle und kreative Ausstellungsprojekte und versteht sich als Ort für „verrückte Ideen“. Die Programmgestaltung umfasst wechselnde Ausstellungen, kuratorische Aktionen und thematische Präsentationen, die Besucherinnen und Besucher mit ungewöhnlichen Objekten und künstlerischen Arrangements überraschen wollen. Das Haus betreibt zudem benachbarte Projekte wie das „Klooseum“ und bietet textlich und bildlich gestaltete Informationen zu seinen Ausstellungen; die Website gibt Einblick in die inhaltliche Ausrichtung und die kuratorische Arbeit des Hauses. Besuchsinformationen und Hinweise zur Barrierefreiheit werden auf der offiziellen Seite kommuniziert; das Museum weist darauf hin, dass es nicht vollständig barrierefrei ist, und nutzt seine Kommunikation, um aktuelle Hinweise für Besucher bereitzustellen. Insgesamt positioniert sich das HarlekinÄum als kleines, spezialisiertes Museum mit einem Schwerpunkt auf ungewöhnlicher, einfallsreicher Ausstellungsgestaltung.